Les dépenses de protection de l'environnement s'organisent comme les rubriques de la Classification des activités de protection de l'environnement (CEPA), à savoir la protection de l'air ambiant et du climat, la gestion des déchets et des eaux usées, la protection des sols et des eaux souterraines, la lutte contre le bruit et les vibrations, la protection de la diversité biologique et des sites, la protection contre les rayonnements; les dépenses afférentes aux travaux de mesure, de contrôle, de laboratoire et autres travaux connexes. Il s'agit par exemple des dépenses de réduction de la pollution engagées afin d'appliquer la réglementation en vigueur ou anticipée, de répondre à des considérations d'ordre moral ou de soigner son image. Les bénéficiaires de ces dépenses, dans leur grande majorité, n'ont pas de lien particulier avec l'établissement.

Sont exclus : les dépenses afférentes aux mesures prises pour améliorer la santé, le confort ou la sécurité des employés (05) ; la R-D (02).